庫院とは、お寺の什物や食糧などを保管する倉庫に、それを調理する典座寮(てんぞりょう)、その施主を接客する知客寮(しかりょう)などを含んだ建物です。平成25年に巍定容三大居士(ぎじょうようざん・岸容介)によって建立され、城満寺を兼務住職された雲海興宗禅師(板橋興宗)の揮毫で「慈門閣」と命名されています。これは、大居士が曹洞宗のお経「修証義」の「仏祖憐みの余り広大の慈門を開き置けり」という言葉を大切にされていたことに因むものです。大居士が特に注力された青少年の育成を中心に、仏教の学習や修行の実践などに使われています。